Не будучи дипломированным специалистом по этой теме, просто выскажусь.
Могу ошибаться.
Насколько понимаю, в Петербурге не должно бывать сильных морозов - слишком близко море. Выход от высоких грунтовых вод - на мой взгляд:
1) сеянец зимостойкого не огромного ростом сорта. Это лишь мнение - в отличие от саженца, растение из семечка по месту имеет адаптивность;
2) айва. Если не ошибаюсь, Валерий 77 под Псковом на ней выращивает, а это недалеко от Вас. Ясное дело, сажать заподлицо - чтобы подвой не торчал на воздух. Тут 1 простая вещь: ну присыпьце молодым деревьям первые годы корневую каким торфом или лучше опилками.
S1 считается более зимостойкой, чем Ва-29. Недостаток - поросль от подвоя. Возможно, это не всегда и зависит от степени совместимости: мои 2-4 летки не дали пока ни 1 побега от подвоя.
Гарантированная пара, лично проверено многолетне: ирга, на ней Платоновская. Это уже железобетон

Вынужден извиниться, но считаю издевательства над сеянцами (подрезать стержень, тазик, ванночку, жесть подложить, пересаживать 19 раз), а также спекулятивные слухи об успехах таких манипуляций - ну, не стану подбираць аккуратное слово. Все эти чудеса никоим образом не изменят генетику подвоя.
Другое дело - если бы был сорт, устойчивый к расщеплению своих свойств от опыления другими (как у яблони Чулановка - а может, она сразу сама себя первой опыляет, и нет никакого перекрёстного), имеющий при этом компактный рост и какую хочет корневую... Чтобы сеяць его семенами. Однако, пока о таком никто не сообщал.
Старался доброжелательно рассказать сразу всё - ну, насколько представляю условия.