Vlad Du, не знаю, насколько актуален для вас мой ответ. Но все же вставлю свои пять копеек.
Причин может быть несколько. Первую вам уже назвали, самка после окрола пришла в "охоту", стала беспокойной, вот и потоптала крольчат. Надо было посадить ее к самцу, покрывшись, она бы успокоилась и нормально ...